Le Secrétaire Général est nommé par l'Assemblée générale, sur proposition du Conseil exécutif et suivant les conditions que l'Assemblée générale pourra fixer. Le Secrétaire Général est le plus haut fonctionnaire technique et administratif de l'Organisation.
Le Secrétaire Général est de droit Secrétaire de l'Assemblée générale et du Conseil exécutif, et participe de droit aux séances des commissions. Il peut déléguer ses fonctions.
Le Secrétaire Général doit préparer et soumettre chaque année au Conseil les rapports financiers et les prévisions budgétaires de l'Organisation.
Le Secrétaire Général nomme le personnel du Secrétariat conformément au règlement du personnel établi par l'Assemblée.
M. Arguj KALANTARLI a été nommé Secrétaire général le 11 juillet 2025 par la Décision 3 de la 3e Session extraordinaire de l’Assemblée générale.